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La ciencia abierta contra un nuevo virus

Europa/ReinoUnido/Elespectador

Gracias a la colaboración de científicos de todo el mundo fue posible en pocos días rastrear el virus #2019nCov, crear una prueba diagnóstica, descifrar su potencial de contagio y anticipar otros aspectos de su comportamiento. Crece la preocupación mundial. Como muchos, estoy fascinada y algo preocupada por lo que la ciencia abierta nos ha permitido entender en tan solo 20 días acerca de un nuevo coronavirus con potenciales implicaciones mundiales.

El 31 de diciembre de 2019 fue identificado un coronavirus nuevo (#2019nCov) como causante de infección respiratoria en 41 personas en la ciudad de Wuhan (China). Estas personas habían visitado en días previos un mercado específico. Dado esto, el mercado fue cerrado el 1.º de enero de 2020.

Durante la primera semana de enero no se presentaron nuevas infecciones, lo cual llevó a pensar inicialmente que la fuente del virus era algo (desconocido) localizado en el mercado. Y que era poco probable la transmisión humano-humano, que es la determinante de una potencial expansión a grandes poblaciones.

Entretanto, investigadores locales lograron secuenciar el virus #2019nCov en tiempo récord. Y más importante aún, el 11 de enero los investigadores y el gobierno chino liberaron las secuencias genéticas del virus al público para que cualquier persona las pudiera analizar. Esto permitió que en tan solo un día varios investigadores de otras partes del mundo ya tuvieran análisis filogenéticos (el árbol genealógico del virus) concluyentes.

Se logró establecer que #2019nCov es genéticamente similar a otros dos coronavirus ya conocidos, pero diferentes: SARS y MERS. Saber esto es importante para dimensionar potenciales implicaciones. Por ejemplo, el virus SARS afectó 26 países en 2003, provocó 8.000 casos y la mortalidad fue cercana al 10 %. En 2012, el MERS, que se transmite de animales a humanos, tenía una mortalidad del 35 %, pero el 80 % de casos se han circunscrito a Arabia Saudita.

Tener las secuencias genéticas también permitió desarrollar rápidamente las pruebas diagnósticas para detectar casos y así empezar barridos de personas sintomáticas en aeropuertos internacionales de Asia con vuelos provenientes de Wuhan.

El 12 de enero se detectó el primer caso fuera de China. Se trataba de una persona que viajó desde Wuhan a Tailandia. Aquí lo importante es que esta persona no había visitado el mercado implicado inicialmente. Esto sugiere potencialmente una fuente de transmisión humano-humano.

Simultáneamente, otro grupo de investigadores analizó rápidamente las frecuencias de tráfico aéreo internacional desde Wuhan y estimó el potencial riesgo de transmisión en Asia. El 14 de enero publicaron su artículo, bajo un esquema de revisión de pares en tan solo dos días.

El 16 de enero se reportó un caso nuevo en Japón, de un viajero desde Wuhan que tampoco había visitado el mercado. Esto implicaba, entonces, que la posibilidad de que hayan ocurrido casos sin detección era alta y que no era posible descartar la infección humano-humano.

La pregunta siguiente para los investigadores era: ¿es posible que la epidemia sea más grande que lo reportado? Para responderla, otro grupo de investigadores de Imperial College London reunieron la información pública y construyeron un modelo para analizar rápidamente asuntos como el tiempo de retraso entre infección y reporte y la probabilidad de que un caso sea detectado fuera de Wuhan, todo esto usando estimaciones demográficas y de tráfico aéreo diario.

El modelo es relativamente sencillo pero poderoso. Permite estimar rápidamente el número de casos que han requerido hospitalización en Wuhan. Es decir, permite saber si es posible que en los hospitales ya haya casos que inicialmente pasaron desapercibidos.

¿Qué encontraron con el modelo? La probabilidad de que una persona infectada viaje internacionalmente desde Wuhan antes de buscar cuidado médico es de 1/574. Dado que hasta la fecha (17 de enero) habían ocurrido tres casos confirmados fuera de Wuhan, eso implica que podría haber ya unos 1.700 casos (intervalo de confianza 190 – 4000+) en Wuhan. Sin embargo, a medida que se obtenga información de nuevos casos confirmados se podrá actualizar esta cifra.

¿Qué implicaciones tienen estos resultados? Implican que probablemente hay más casos que los identificados inicialmente y por lo tanto se deben enfocar los esfuerzos en identificar el virus en pacientes hospitalizados por neumonía en Wuhan y otras ciudades. Hay que intensificar la búsqueda en aeropuertos nacionales e internacionales con alta interconexión con Wuhan.

Aún hay muchos aspectos desconocidos sobre este virus que hay que seguir investigando rápidamente. Por ejemplo, su origen. También, si existe o no transmisión sostenida de humano a humano. A su vez, esta podría ser solo entre contactos cercanos (familiares, personal de salud) o en un contexto más amplio. Conocer estos aspectos es fundamental para diseñar las estrategias de mitigación. El 20 de enero el gobierno chino confirmó la presencia de transmisión humano-humano, pero hasta ahora solo en contactos cercanos. A pesar de que hay unos pocos casos fatales ya registrados, es aún prematuro saber qué tan grave va a ser la presentación clínica en la población general. Todo esto solo lo sabremos a medida que se sigan compartiendo los resultados de las investigaciones.

Conocer todo esto en tan poco tiempo ha sido posible gracias a la ciencia abierta. Es decir, la producción de conocimiento científico con publicación inmediata de datos, métodos y resultados. Esta vez, el resto de la comunidad científica global ha hecho el escrutinio, revisando rápidamente la metodología y resultados en tiempo real y, hay que decirlo, en Twitter. Es un fenómeno sin precedentes que representa la posibilidad de que juntos podamos entender y mitigar las epidemias.

Adicionalmente, la cooperación entre científicos y autoridades sanitarias ha marcado la pronta respuesta frente a esta nueva epidemia. En esta semana se espera que la Organización Mundial de la Salud emita las recomendaciones para el resto de los países.

Fuente: https://www.elespectador.com/noticias/salud/la-ciencia-abierta-contra-un-nuevo-virus-articulo-900844

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De la ciencia abierta a la investigación abierta: los vínculos entre la producción colaborativa y la cultura científica en la era de Internet

Autor: Eduard Aibar Universitat Oberta de Catalunya

Introducción:

Hoy en día se suele dar por descontado el carácter abierto y público de la ciencia: el hecho de que los resultados y descubrimientos de la investigación científica sean accesibles de forma universal para todo el mundo y sin restricciones. Sin este requisito, tanto el carácter cooperativo y comunal de la ciencia, como su naturaleza
acumulativa y, por tanto, su progreso, son prácticamente imposibles. Compartir libremente la información es la esencia de la actividad científica y el principio que hace posible el avance del conocimiento. Si el acceso a las ecuaciones de Maxwell o a los Principia de Newton hubiera sido privativo o propietario a principios del siglo
xx, Einstein se habría jubilado en la Oficina de Patentes de Berna sin haber podido atisbar si quiera los rudimentos de la relatividad especial. Este hecho, que damos por supuesto y que asociamos casi de forma automática
a la institución científica, como mínimo desde la revolución científica de los siglos xvi y xvii, fue, sin embargo, el resultado de un cambio cultural largo y paulatino en la actividad científica. Un cambio que tardó en cristalizar casi dos siglos, según ha mostrado recientemente el economista de la ciencia y la innovación Paul David (2007), y que no cuajó de forma plena hasta bien entrado el siglo xviii.

Descargar : https://www.uoc.edu/webs/eaibar/_resources/documents/Aibar_hibri.pdf

Fuente:

Imagen tomada de:

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Desde Argentina Ciencia abierta: el movimiento para que todos sean científicos

Proponen “democratizar la construcción del conocimiento”, poniendo a disposición de cualquiera la información para instrumental científico.

Terminar con la dependencia del instrumental científico costoso y que sólo puede conseguirse en el exterior, para pasar a disponer de diseños que permitan elaborarlo localmente y así hacer más accesible la ciencia a cualquier persona.

En resumidas cuentas, esa es la idea del movimiento mundial que aboga por promover el hardware científico abierto que tiene referentes en Mendoza y que hoy tendrá su primer encuentro formal en nuestra provincia.

Fernando Castro, docente responsable del Laboratorio de Fabricación Digital (LabFD) de la UTN Mendoza, es uno de los miembros de GOSH (Gathering for Open Science Hardware),como se conoce a esta iniciativa que se ha extendido por todo el planeta. Él es uno de los referentes que disertará en el evento.

“La idea es poder empezar a juntar gente acá para que vea en el hardware abierto una oportunidad”, comenzó a explicar Castro. Para él se trata de una necesidad, sobre todo en el contexto local: “Porque nosotros estamos siempre dependiendo de instrumental, que hay que comprar afuera y es caro”.

Para el ingeniero, el hardware abierto viene a resolver esta dependencia material y habilita la construcción de conocimiento para cualquiera que esté interesado.

“Saca del ámbito de los expertos a la ciencia, cada uno puede investigar lo que quiere. En definitiva, democratizar la construcción del conocimiento”, remarcó Castro y aseguró que este movimiento tiene una pata ética y una política: “No escinde la ciencia de lo político, lo reconoce y toma posición”.

Concretamente, lo que estimula este movimiento es a la creación de repositorios digitales en los que las personas comparten sus diseños, listas de materiales e instrucciones para armar determinados instrumentos científicos.

Así, cualquiera puede replicarlos, modificarlos e incluso hacerles aportes. “Son licencias y se reconoce quién lo ha hecho, pero yo estoy librado para remixarlos, adaptarlos a mis necesidades concretas y a mis posibilidades de investigación”, precisó el experto.

La iniciativa se contrapone al modelo actual de venta de instrumental científico a altos costos. “Esto es así porque se trata de desarrollos cerrados que se basan en patentes. Lo que en definitiva cobran es el cercamiento del conocimiento”, explicó Castro, asegurando que se trata de un monopolio que de alguna manera detiene la generación de la innovación.

A través del hardware libre pueden crearse microscopios, espectrómetros, colorímetros, instrumental de monitoreo de plantas, agua, aire y suelo, entre otros elementos, a un 10% del costo de mercado, tal como precisó el ingeniero.

Lo que en un futuro cercano -y con necesario apoyo- podría dar vida a un “laboratorio ciudadano” que fomente la investigación fuera del ámbito de la academia. “Es un movimiento incipiente en la provincia que requiere de política pública que lo quiera favorecer”, reconoció.

Movida mundial 

El movimiento GOSH, que reúne a más de 100 representantes del ámbito científico, educativo y de organizaciones sociales, además de artistas y profesionales independientes de 30 países, tuvo su primer encuentro en 2016 en la Organización Europea para la Investigación Nuclear (CERN), en Suiza (donde está el famoso colisionador de hadrones conocido como “máquina de Dios”), y se volvió a reunir el año pasado en la Universidad Católica de Chile.

Castro tuvo la oportunidad de participar de este segundo evento, aunque ya desde 2013 venía investigando al respecto.“Estuve haciendo mi doctorado en la UTN y me encontré con ese problema: no encontraba el equipo que necesitaba”, recordó.

En ese entonces, junto a Pablo Cremades de la Facultad de Ciencias Exactas de la UN Cuyo, empezaron a desarrollar un monitor abierto de calidad de aire con sensores de bajo costo.

“Ahí comencé a entrar a ese mundo y me di cuenta que es muy amplio y que hay mucho que se puede tomar para aplicar a necesidades locales”, señaló.

Actualmente ambos construyen instrumentos para laboratorios de física bajo este mismo concepto.

Jornada en Ciencias Agrarias

Hoy se desarrollará en la Facultad de Ciencias Agrarias de la UNCuyo un encuentro con referentes del movimiento por el libre acceso a herramientas científicas.

Estarán presentes Benjamin Paffhausen y André Chagas, de Alemania, y los mendocinos Fernán Federici y Fernando Castro, integrantes del movimiento GOSH (Gathering for Open Science Hardware).

A las 9 en el Aula Magna se realizará una charla para el público en general y a partir de las 10 comenzará un taller con inscripción previa.

“Hay seleccionadas 18 personas de distintas unidades académicas que se van a instalar a desarrollar medidores de nitrato y microscopios ópticos”, precisó Silvia Van Den Bosh, secretaria de Extensión de Ciencias Agrarias.

Y adelantó que los instrumentos que se desarrollen quedarán funcionando en la facultad, otros se le entregarán a la UTN y los restantes a organizaciones que les den uso cotidiano.

“En el ambiente rural nuestros egresados tienen un tope tecnológico porque los instrumentos son muy caros, por lo que queremos quede funcionando en la facultad un grupo que cree herramientas de medición de acuerdo a las necesidades”, explicó.

Y reconoció que este movimiento viene a “patear ciertas estructuras” y poner la ciencia al servicio ciudadano.

Disertantes 

André Chagas. De la Universidad de Tübingen (Alemania), TReND in Africa y Prometheus Science.

Benjamin Paffhausen. Del departamento de Biología de la Universidad de Berlín (Alemania).

Fernán Federici. De la Universidad de Cambridge, profesor asistente de la Universidad Católica de Chile e investigador en el International Research Fellow at OpenPlant Centre.

Fernando Castro. Responsable del Laboratorio de Fabricación Digital (LabFD) de la UTN Mendoza.

Fuente: https://losandes.com.ar/article/view?slug=ciencia-abierta-el-movimiento-para-que-todos-sean-cientificos

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Seminario web: Ciencia Abierta en América Latina

América del Sur/Chile/zoom.us
Este seminario web se centrará en el estado de la ciencia abierta en América Latina, desde los esfuerzos de los investigadores individuales para abrir sus flujos de trabajo, herramientas para ayudar a los investigadores a ser abiertos y nuevas redes e iniciativas prometedoras en ciencia abierta.

Ricardo Hartley (@ametodico) es profesor de metodología de la investigación de la Universidad Central de Chile, investigador en biología de la reproducción y en comunicación – valoración del conocimiento. Organizador de las OpenCon Santiago 2016 y 2017 y embajador COS.

Erin McKiernan es profesora del Departamento de Física, Programa de Física Biomédica de la Universidad Nacional Autónoma de México. También es la fundadora del Why Open Research? proyecto, un sitio educativo para que los investigadores aprendan cómo compartir su trabajo, financiado en parte por la Fundación Shuttleworth.

Fernan Federici Noe es profesor asistente e investigador de la Universidad Católica de Chile y fellow internacional del OpenPlant Synthetic Biology Center, University of Cambridge. Fernan es miembro del Global For Open Science Hardware (GOSH) y TECNOx (www.tecnox.org).

Este seminario web se presentará en español.

Nov 29, 2017 1:00 PM in Hora del este (EE. UU. y Canadá)

 Fuente: https://zoom.us/webinar/register/WN_mbVqAUsQRjqgnxM4O8ksXQ
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Las golondrinas nos enseñan que las estaciones ya no son lo que eran

Carmelo Marcén

La escuela puede ser un lugar de investigación del mundo animal, más allá de los libros, a base de la observación de lo que ocurre alrededor.

Las vemos que van y vienen desde la ventana de nuestra aula. Las grandes cigüeñas nos recuerdan que el mundo animal es un libro vivo, cambiante, más entretenido que los que hay que estudiar en la escuela. Muchos animales -aunque demasiados no lleguen a su destino- buscan con las largas o cortas migraciones asegurar la vida, como han hecho desde siglos. Parece que el número ha disminuido mucho con respecto a hace unas décadas. Lo tienen más fácil los animales alados. Dicen que más de 200 especies de aves de las 3.000 que viven en Sudamérica migran estacionalmente. Hay viajes extremadamente largos (4.000 km) como los que hacen cada año las mariposas monarca, famosas en Norteamérica por su eclosión multicolor; o los que efectúa el zarapito trinador entre Chile y Alaska. Pero la reina de las migraciones es una diminuta libélula, unos 4 cm, que recorre 7.000 km entre la India y Áfricacon una sola intención: tener la humedad necesaria para reproducirse.

Las pequeñas golondrinas, ajenas al calendario que usamos los humanos, han adelantado un año más su llegada a Europa. Se ve que por sus tierras africanas también se siente lo del calentamiento global y el subsiguiente cambio climático, aunque ellas no lo llamarán así. Porque no ven la tele, ni leen, pero perciben como nadie las alteraciones de su hábitat. Quién sabe de qué medios se valen para auscultar el tiempo. Se han hecho estudios que aseguran que ahora llegan un mes antes de lo que lo hacían hace un siglo. No son las únicas que se han puesto en marcha siguiendo los itinerarios que unen de sur a norte el continente americano, o África con Europa. Nos recuerdan el poema de Pablo Neruda ‘Migración’: “Todo el día una línea y otra línea, /un escuadrón de plumas, /un navío/ palpitaba en el aire,/… Sobre el agua, en el aire,/ el ave innumerable va volando,…/ construye la unidad con tantas alas,/… y solo un ala inmensa se desplaza”. Dicen que todas las especies de larga migración -algunas paran a descansar en los mismos sitios todos los años- efectúan sus travesías utilizando una brújula que les sirve para guiarse; esperemos que no se les altere con el calentamiento global.

Con ellas debemos preguntarnos si cambia o no el tiempo cada año -así lo hacían nuestros antepasados-, o acaso se está modificando la dinámica atmosférica global. La observación de estas idas y venidas de los animales migrantes -también los cambios en las plantas- se llama fenológica, y fue muy importante hace muchos años. La escuela puede ser un lugar de investigación, observando y anotando con detalle las señales que nos envían las especies migratorias, u otros seres vivos. Así lo hizo el naturalista español Félix de Azara a comienzos del siglo XIX con los pájaros rioplatenses. Hay redes de Organizaciones ecologistas (BridLife y Audubon entre ellas) con las que se puede colaborar.

Fuente del articulo: http://eldiariodelaeducacion.com/blog/2017/03/10/las-golondrinas-nos-ensenan-que-las-estaciones-ya-no-son-lo-que-eran/

Fuente de la imagen: http://eldiariodelaeducacion.com/wp-content/uploads/2017/03/GOLONDRINA-De-I-Malene-CC-BY-2.5.jpg

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Airbnb quiere democratizar la ciencia de datos con la creación de Data University

Observatorio ITESM

Hoy en día, la analítica de datos es esencial para muchas empresas y la demanda de expertos en ciencia de datos es alta. Sin embargo, para muchas empresas, encontrar científicos de datos entrenados no es tarea fácil. Una de estas empresas es Airbnb. En esta compañía los datos son esenciales «Para nosotros, los datos son la voz de nuestros usuarios», es por eso que para Airbnb todos sus empleados deben estar capacitados para tomar decisiones basadas en datos. Para afrontar este desafío, la empresa quiere democratizar la ciencia de datos.

Para lograrlo, la compañía ha construido un equipo de ciencia de datos y ahora, en un esfuerzo por cubrir la demanda de científicos de datos altamente capacitados, Airbnb ha creado su propia universidad: Data University, con la cual Airbnb busca que toda su fuerza de trabajo sea experta en datos.

«Data University es educación de datos para todos en Airbnb. Nuestra visión es capacitar a cada empleado para que tome decisiones informadas», escribe Jeff Feng, gerente de producto y cofundador de Data University.

En un inicio, la empresa consideró aprovechar los recursos en línea ya existentes en plataformas como Coursera y Udacity, pero la oferta no era suficiente porque los cursos no estaban adaptados a los datos y herramientas internas de Airbnb. Así que la empresa decidió diseñar sus propios cursos. El plan de estudios consta de más de 30 clases en torno a tres niveles de instrucción para las diferentes necesidades de sus empleados:

  • La serie Nivel 100: la cual provee los fundamentos en ciencia de datos para todo tipo de empleados en Airbnb .
  • La serie Nivel 200: equipa a las personas con habilidades aplicadas necesarias para acceder a datos utilizando SQL, o analizar y visualizar datos utilizando herramientas como Superset, Tableau y ERF.
  • La serie Nivel 300: dirigido principalmente a ingenieros y científicos de datos, que pueden aprender técnicas avanzadas de datos como machine learning y a utilizar herramientas como Airflow.

Desde su lanzamiento en el tercer trimestre del 2016, un total de 500 empleados han tomado al menos una clase. La compañía está buscando ampliar el programa a otras oficinas en Dublín, Portland, Singapur y Seúl. La empresa está estableciendo un precedente en la democratización de la ciencia de datos y espera inspirar a otras organizaciones a hacer lo mismo.

Fuente: https://observatorio.itesm.mx/edu-news/2017/5/29/airbnb-quiere-democratizar-la-ciencia-de-datos-con-la-creacin-de-data-university

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PGR de México asegura «justicia plena» para caso Ayotzinapa.

Pese a que la versión presentada por la PGR de México sobre la desaparición de los 43 normalistas ha sido contradicha por diversas investigaciones, el organismo asegura que alcanzará la «justicia plena».

América del Norte/México/27.09.2016/Autor y Fuente:http://www.telesurtv.net/

La Procuraduría General de la República (PGR) de México aseguró este sábado que se mantendrá abierta la investigación del caso de la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa para garantizar “la obtención de información suficiente y apta para saber su paradero, así como lograr el esclarecimiento total de lo acontecido” y lograr la “justicia plena al respecto”.

El ente emitió un comunicado en la víspera de cumplirse dos años de la desaparición de los normalistas, sin que aún haya certezas sobre lo ocurrido entre el 26 y 27 de septiembre de 2014.

El dato: El trabajo publicado por la revista Science sostiene que no hay manera alguna en la que los cuerpos de esa cantidad de personas hayan podido ser calcinados en el basurero de Cocula, Guerrero, como lo plantea la versión oficial de la PGR.

Pese a las inconsistencias de la versión presentada por la PGR, el organismo mexicano aseguró que la prioridad es “mantener una línea de investigación amplia que contemple todas las pesquisas al respecto», así como el “fortalecimiento de las acciones de búsqueda” de los jóvenes.

Asimismo, aclaró que cualquier controversia “por diferencias de criterios técnicos”, serán aclaradas “en su momento”, luego de llegar a un acuerdo con los familiares directos de los 43 normalistas y “mediante los mecanismos legales aplicables”.

“Los recursos, esfuerzos y energías institucionales se destinan en la actualidad y en lo siguiente, de manera prioritaria, al desarrollo de nuevas líneas de investigación, atendiendo en todo momento los planteamientos, propuestas y peticiones de los familiares de las víctimas directas, de la coadyuvancia y de los organismos nacionales e internacionales que han venido dando seguimiento al caso”, reza el comunicado.

En contexto

El 26 de septiembre de 2014, un grupo de alumnos de Ayotzinapa tomaron varios autobuses comerciales para viajar a una manifestación en la ciudad de México. Según la declaración de los miembros del cártel Guerreros Unidos, integrantes de esta célula delictiva, incitados por la policía local, emboscaron a los estudiantes y posiblemente los confundieron con miembros de un cártel rival. Algunos estudiantes fueron asesinados con armas de fuego, otros escaparon y 43 fueron secuestrados y, según se afirma, ejecutados.

Los miembros del cártel indicaron que incineraron los cuerpos en un basurero municipal, en las afueras del pueblo de Cocula. Seis semanas más tarde, los investigadores federales anunciaron que encontraron bolsas con restos humanos, convertidos en cenizas, tanto en el basurero como en un río cercano.

Casi dos años después del secuestro y asesinato de los estudiantes no hay condena judicial ni tampoco consenso. La herida abierta aquella noche del 26 al 27 de septiembre aún está lejos de cerrarse.

Los padres de las víctimas rechazan la versión oficial y el GIE arrojó serias dudas sobre el proceder de los investigadores mexicanos.

Fuente:

http://www.telesurtv.net/news/PGR-de-Mexico-asegura-justicia-plena-para-caso-Ayotzinapa-20160924-0047.html

Imagen: http://www.telesurtv.net/__export/1474768656390/sites/telesur/img/multimedia/2016/09/24/636101722214942747w.jpg_1718483346.jpg

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